La base sous marine de la Pallice fut inauguré en 1890 par le Président Sadi-Carnot. Elle fît partie du mur de l'Atlantique, élaboré par l'armée allemande pendant l'occupation.

En 1902, une première base fut construite à ciel ouvert. Elle connu bien des aventures : incendies, vols de marchandises et actions militaires. En 1908, le sous-marin, "le Fresnel", construit trois ans auparavant à la Pallice coule par accident. Il sera renfloué pour être à nouveau coulé en 1915 par des torpilleurs autrichiens.
En 14-18, la Pallice accueille une escadrille d'hydravions afin de détecter les sous-marins ennemi.

En juin 1940, les Allemands investissent le port dominé par une fumée acre, les réservoirs d'essence ayant été incendiés la veille. En 1941, tandis que les bateaux ne cessent de sauter sur des mines, les allemands entreprennent la construction de leur pièce maîtresse de leur système de défense (sur trois hectare), avec une "écluse-blockauss" pour protéger leurs sous-marins. Pas moins de 93 s'y abriteront.

La résistance française multiplie les actes de sabotage et l'aviation, les bombardements. C'est le carnage en mer et au port de la Pallice où coulent de nombreux bateaux. le 19 août 1944, ce sont 1178 tonnes de bombes qui y sont larguées.

Le 8 mai 1945, le vice amiral Schirlitz restitue au capitaine de frégate Meyer le port, qui se trouve dans un état de délabrement presque total. Près de deux millions de tonnes d'épaves encombrent l'ensemble des ports français ! De 1950 à 1966, le port de la Pallice sera le port principal de l'OTAN en Europe.